Lachlan Macquarie dilahirkan di pulau Ulva di luar pantai Isle of Mull di Inner Hebrides, rantaian pulau-pulau di Pantai Barat Scotland. Beliau ialah seorang lelaki budiman daripada keluarga Scottish Highland puak MacQuarrie yang memiliki Ulva, Staffa, dan rantau Isle of Mull selama lebih seribu tahun, dan nenek moyang beliau disemadikan di Iona. Bapa Gabenor Macquarie, "seorang yang pintar, sopan, dan banyak lagi", kononnya mencapai umur 103 tahun, mati pada 4 Januari 1818.[6] Ibunya ialah anak seorang penghulu Maclaine yang memiliki istana di Isle of Mull.[7] Macquarie left the island at the age of 14.[8] Jika beliau menghadiri Sekolah Tinggi Diraja Edinburgh, "sebagaimana tradisinya",[9] ia hanya untuk tempoh yang singkat kerana, pada usia yang sama, beliau menawarkan diri untuk menjadi tentera.[10]

Macquarie menyertai Rejimen Kaki ke-84 pada 9 April 1777, pergi ke Amerika Utara pada tahun 1777 untuk mengambil bahagian dalam Perang Kemerdekaan Amerika. Sebagai rekrut baru dalam perjalanan ke Amerika beliau mengambil bahagian dalam Pertempuran Newcastle Jane. Peperangan ini adalah kemenangan tentera laut pertama bagi sebuah kapal dagang British ke atas privatir Amerika. Beliau pada mulanya ditempatkan di Halifax, Nova Scotia, dan ditauliahkan sebagai ensain lima bulan selepas ketibaan beliau. Pada 18 Januari 1781, beliau telah dinaikkan pangkat kepada leftenan dan dipindahkan ke Rejimen Kaki ke-71, dan berkhidmat dengan mereka di Bandar New York, Charleston, dan Jamaica.[10] Pada Jun 1784 beliau kembali ke Scotland sebagai leftenan separuh gaji.[10] Tiga tahun kemudian, pada Hari Krismas 1787 beliau menerima komisen sebagai leftenan dalam Rejimen ke-77, di mana beliau menyertai perkhidmatan dengan tentera di India dan Mesir. Macquarie menjadi ahli Freemason dalam Januari 1793 di Bombay, dalam Lodge No. 1 (No. 139 dalam daftar Grand Lodge Inggeris "Moden").[11] Beliau telah dinaikkan pangkat Kapten pada 9 November 1789, Mejar pada 12 Mac 1801. Semasa 1801 dia telah menemani Sir David Baird dan Tentera India ke Mesir, dengan pangkat Timbalan Adjutan Jeneral, dan hadir ketika penawanan Iskandariah dan pengusiran akhir Tentera Perancis dari Mesir. Dua tahun kemudian, 1803, beliau berada di London, sebagai Penolong Adjutan Jeneral kepada Lord Harrington, yang memerintah untuk daerah London. Pada tahun 1803 dan 1804 menyaksikan beliau dalam perkhidmatan yang aktif di India. Beliau kembali ke London pada tahun 1807, memimpin Rejimen Kaki ke-73, dan pada 8 Mei telah dilantik sebagai Gabenor New South Wales dan kebergantungannya, berlepas ke tanah jajahan pada 22 Mei 1809, dalam HMS Dromedary, di mana beliau mendarat secara rasmi pada 31 Disember 1809, di Sydney Cove.[6]

Pada tahun 1793 beliau berkahwin dengan Jane Jarvis, anak perempuan Ketua Hakim Antigua. Tiga tahun kemudian dia meninggal dunia akibat batuk kering.[12]